A história deu uma volta completa. Em 28 de abril de 2020, André Mendonça foi nomeado ministro da Justiça por Jair Bolsonaro. No mesmo dia, Bolsonaro nomeou o delegado Alexandre Ramagem para dirigir a Polícia Federal. Só que Ramagem foi impedido de assumir o cargo por decisão do então ministro Alexandre de Moraes, que apontou "desvio de finalidade". Moraes usou como base as declarações do ex-ministro Sergio Moro, que afirmou publicamente que Bolsonaro queria colocar alguém de sua confiança na PF para ter acesso a informações e relatórios de inteligência — interferência política, nas palavras do próprio Moro.

Agora, em setembro de 2025, Mendonça está do outro lado. Relator do Caso Master e da chamada Farra do INSS no STF, ele determinou o afastamento do atual diretor-geral da Polícia Federal, Andrei Rodrigues, após a corporação produzir relatórios de inteligência contra ministros do próprio Supremo. Junto com Andrei, também foi afastado o diretor de Inteligência Policial, Leandro Almada da Costa.

Na decisão, Mendonça proibiu a PF de produzir ou compartilhar qualquer relatório sobre a atuação de magistrados. O objetivo, segundo ele, é garantir que os membros do STF, o advogado-geral da União, Jorge Messias, e os servidores da Polícia Federal possam exercer suas funções sem pressões ilegais. Na decisão, Mendonça citou "inadequações, disfuncionalidades, irregularidades e potenciais ilicitudes" na conduta de Andrei Rodrigues.