O ministro Gilmar Mendes, do Supremo Tribunal Federal, enviou um ofício ao ministro Luiz Fux no dia 11 de setembro, divulgado na quinta-feira (17), acusando-o de ter feito um acerto direto com André Mendonça antes de uma sessão da Segunda Turma do STF. A sessão em questão aconteceu no dia 8 de setembro e analisou a decisão que afastou o diretor-geral da Polícia Federal, Andrei Rodrigues, e o diretor de Inteligência Policial, Leandro Almada.

No ofício, Gilmar detalha a sequência de horários: a decisão de Mendonça foi registrada no sistema do STF às 8h43; às 9h29, o processo já estava incluído na pauta da sessão; e o gabinete de Gilmar só recebeu a comunicação oficial às 9h38, apenas 22 minutos antes do início previsto para as 10h. Para o decano, essa sequência deixa claro que houve um ajuste entre Fux, então presidente da Segunda Turma, e Mendonça, sem comunicar todos os integrantes do colegiado.

Gilmar também questiona o fato de Fux e Nunes Marques terem antecipado seus votos logo após ele pedir vista dos autos, às 10h. Segundo ele, uma decisão de grande impacto institucional, que afastou os dois diretores da PF e tensionou a separação de poderes, foi julgada em pouco mais de uma hora, sem tempo suficiente para análise adequada.

O ofício não altera a decisão da Segunda Turma, mas registra formalmente a posição de Gilmar de que houve condução indevida dos trabalhos. A crise se agrava em torno do caso Banco Master e da atuação de Mendonça. Na sessão de terça-feira (15), Gilmar defendeu o procurador-geral da República, Paulo Gonet, e criticou Mendonça por divulgar um vídeo nas redes sociais agradecendo apoio popular após o episódio, chamando o ministro de "pixuleco eleitoral".